Patogenní hypotéza homosexuality, neboli hypotéza o zárodcích homosexuálů, tvrdí, že patogenní příčina homosexuality je poukazována na snížený počet potomků, které homosexualita plodí, což znamená, že evoluce by proti ní silně vybírala, nízkou identickou dvojitou konkordancí pro homosexualitu, která dále argumentuje proti genetickému vlivu, a analogií s nemocemi, které mění strukturu mozku a chování, jako je narkolepsie, u nichž existuje podezření, že jsou spouštěny virovou infekcí. Je nepřesné označovat tuto hypotézu za teorii, protože teorie představuje dobře prověřenou a ověřenou hypotézu, která odolala veškerému v současnosti možná vědeckému zkoumání a bádání.
Gregory Cochran, který vzbudil pozornost svými myšlenkami v evoluční medicíně a genetické antropologii, a Paul Ewald, profesor biologie na Amherst College, obhajovali řadu patogenních teorií nemocí a došli k závěru, že se jedná o „proveditelnou hypotézu“. Netvrdí, že existují dostatečné důkazy, které by prokazovaly, že je fakticky správná. Od roku 2005 nebyly dosud provedeny žádné pokusy nebo studie. V současnosti se jedná o spekulativní hypotézu. (Crain, 1999)
Cochran poukazuje na to, že podmínky, které silně ovlivňují schopnost reprodukce, spadají do dvou kategorií – ty, které jsou velmi vzácné (postihují přibližně 1 z 10 000 porodů nebo méně), a ty, které vyplývají z genů, které v určitých situacích skutečně poskytují evoluční výhodu a v jiných nevýhodu. (Jako je srpkovitá anémie.) Homosexualita se údajně vyskytuje u více než 1 ze 100 lidí. Za předpokladu, že není způsobena nedávnou mutací a že nespadá do kategorie selektivních výhod, by rozumným vysvětlením bylo, že je způsobena zárodkem nebo jiným environmentálním faktorem.
Cochran tvrdí, že teorie o příčině narkolepsie – že jde o autoimunitní onemocnění vyvolané virem – činí mechanismus selektivní modifikace mozku věrohodným. Tvrdí také, že homosexuální chování vykazují pouze lidé a ovce při populační úrovni kolem 1% a vyšší. Tvrdí, že vzhledem k jejich fyzické blízkosti by bylo hodnověrné očekávat patogen, který by postihl oba druhy.
Zastánci uvádějí případy bakterie Helicobacter pylori, o které se nedávno zjistilo, že přispívá k většině peptických vředů; bakterie Chlamydia pneumoniae, která může způsobit aterosklerózu; nanobakterie, která může způsobit ledvinové kameny; a různé viry spojené s rakovinou děložního čípku a hepatocelulárním karcinomem (rakovina jater). (Crain, 1999)
Existují i jiné teorie, které navrhují mechanismy selektivní výhody (tedy nevyžadující patogenní vysvětlení). Některé studie také tvrdí, že sexuální orientace má vysokou, ale ne stoprocentní dědičnost (což by naznačovalo, že geny jsou důležité, i když ne absolutní determinanty). Viz Genetika a sexuální orientace.
Mnoho vědců, například William Byne, který je mozkovým výzkumníkem na Mount Sinai School of Medicine v New Yorku, naznačuje, že „Cochran a Ewald jsou vinni patologizací homosexuality“ (slovy Craina, 1999). Naproti tomu Michael Bailey, profesor psychologie na Northwestern University, se ptá: „Dejme tomu, že bychom zjistili, že forma génia byla také způsobena virem. Znamenalo by to, že génius je nemoc?“ (Crain, 1999) Cochran a Ewald poukazují na to, že některé bakterie jsou v přírodě symbiotičtější, například určité druhy, které pomáhají trávení u savců.
Diagnostický a statistický manuál duševních poruch neklasifikuje homosexualitu jako nemoc a Americká psychologická asociace tvrdí, že tomu tak není. Zdá se však, že tato tvrzení berou v úvahu hlavně schopnost člověka fungovat jako šťastný, zdravý člen společnosti, nikoli nějakou konkrétní teorii o determinantech sexuální orientace.
Ve společenských debatách o morálce homosexuálních aktů a právních režimech, které by měly regulovat nebo chránit sexuální chování nebo identity, různé strany často dělají různé soudy o tom, zda atypická sexuální orientace je či není „nemoc“ nebo „odlišnost“ (jako rasa nebo barva očí). (Někteří také věří, že homosexualita je volba, nikoli vrozená podmínka.) Účastníci debaty jsou tak znepokojeni empirickými teoriemi, které mohou ovlivnit veřejné mínění tak či onak.
Cochran se řečnicky ptá: „Měli bychom upustit od teorie, která má šanci být správná, na základě toho, že by mohla lidi naštvat?…Fakta přírodního světa jako by se nestarala o to, co cítíme, a naše pocity ne vždy pomáhají zjistit, jak věci skutečně fungují.“ (Crain, 1999)