V biochemii je proteinový ligand atom, molekula nebo iont, který se může vázat na určité místo (vazebné místo) na bílkovině. Interakce mezi jakoukoli bílkovinou a jejími ligandy jsou zásadní a nezbytné pro správné fungování bílkoviny.
Hlavní metody pro studium interakcí protein-ligand jsou hlavní hydrodynamické a kalorimetrické techniky a hlavní spektroskopické a strukturální metody jako