Sekundární metabolity jsou organické sloučeniny, které se přímo nepodílejí na normálním růstu, vývoji nebo rozmnožování organismu. Na rozdíl od primárních metabolitů nemá absence sekundárních metabolitů za následek okamžitou smrt, ale spíše dlouhodobé zhoršení přežívání organismu, plodnosti nebo estetiky, případně vůbec žádnou významnou změnu. Sekundární metabolity jsou často omezeny na úzký okruh druhů v rámci fylogenetické skupiny. Lidé používají sekundární metabolity jako léky, příchutě a rekreační drogy.
Většina sekundárních metabolitů, které jsou pro lidstvo zajímavé, spadá do kategorií, které klasifikují sekundární metabolity na základě jejich biosyntetického původu. Vzhledem k tomu, že sekundární metabolity jsou často vytvářeny modifikovanými syntázami primárních metabolitů, nebo si „vypůjčují“ substráty primárního metabolitového původu, neměly by být tyto kategorie vykládány tak, že všechny molekuly v dané kategorii jsou sekundárními metabolity (například kategorie steroidů), ale spíše tak, že v těchto kategoriích existují sekundární metabolity.