Shinobu absolvoval medicínu v roce 1905 na vojenské stipendium a okamžitě vstoupil do armády jako lékař, sloužící hlavně jako chirurg. Později změnil specializaci na oftalmologii.
V roce 1908 se vrátil na univerzitu v Tokiu, kde se věnoval očnímu výzkumu. V roce 1910 se stal instruktorem na Armádní lékařské akademii. Tam, kromě toho, že navštěvoval pacienty, prováděl výzkum „oftalmologie na bojišti“ a jak vybírat nadřazené vojáky.
Během práce na Vojenské lékařské fakultě byl požádán, aby vymyslel test pro prověření vojenských rekrutů na abnormality barevného vidění. Jeho asistentem byl lékař barvoslepý, který mu pomáhal testovat destičky. První tabulky byly ručně malovány Išiharou ve vodních barvách pomocí hiraganských symbolů.
Barevné grafy Išihara
Jméno doktora Šinobu Išihary je známé po celém světě díky Ishihara Color Vision Charts, které založil v roce 1918. I dnes zůstává jeho test výběrem po celém světě. Méně známá jsou fakta, že doktor Išihara také vyvinul japonský graf zrakové ostrosti a přístroj pro určení blízkého bodu, obojí je v současnosti v Japonsku stále široce používáno. Významně také přispěl ke studiu trachomu a krátkozrakosti.
V roce 1908 vstoupil doktor Išihara do postgraduálního studia oftalmologie na císařské univerzitě v Tokiu, kde studoval u prof. Jujira Komota. Následně studoval v Německu u profesorů Stocka, Axenfelda a Hesse. Doktor Išihara byl jmenován profesorem a předsedou, aby vystřídal prof. Komota, na oftalmologickém oddělení císařské univerzity v Tokiu v roce 1922 a sloužil až do března 1940.
Doktor Išihara vedl vždy velmi skromný život, bez zájmu o hmotný majetek. Byl velmi uctíván svými studenty, kteří mu po jeho odchodu do důchodu postavili chatu u horkého pramene na poloostrově Izu. Tam sloužil jako venkovský lékař, vedl kliniky pro své sousedy a nežádal žádnou odměnu. Jak bylo v té době zvykem, pacienti nechávali své projevy vděčnosti v domácích produktech a malých peněžních částkách. Poté, co doktor Išihara pokryl své výdaje, vrátil vesničanům všechny zbývající peníze. Tyto prostředky byly použity na vybudování knihovny a studovny pro vesnické děti, což byla příhodná pocta vysoce váženému mecenáši, který v jejich středu žil až do své smrti v roce 1963.