Vědecká kontrola zvyšuje integritu experimentů tím, že izoluje proměnné tak, jak to vyžaduje vědecká metoda, aby se dospělo k závěru o takových proměnných. V kontrolovaném experimentu se provádějí dva prakticky totožné experimenty, ale testovaný faktor se liší pouze v jednom z nich. To slouží k další izolaci jakýchkoli kauzálních jevů. Například při testování léku je důležité pečlivě testovat, že předpokládaný účinek léku je produkován pouze samotným lékem. Lékaři toho dosahují dvojitě zaslepenou studií v klinické studii: porovnávají se dvě prakticky totožné skupiny pacientů, z nichž jedna dostává lék a druhá placebo. Pacienti ani lékař nevědí, která skupina dostává skutečný lék, který slouží jak k potlačení zaujatosti výzkumníků, tak izoluje účinky léku.
Vědecká kontrola se používá jako konstanta, která ukazuje vliv daného prostředí na určité proměnné.