Na počátku šedesátých let začali stanfordští profesoři Patrick Suppes a Richard C. Atkinson zkoumat, zda by počítače mohly být efektivně využívány ve školách k výuce matematiky a čtení pro děti. V té době byla jejich oblast výzkumu známá jako počítačově podporované vzdělávání. Atkinson nakonec odešel, aby se věnoval kariéře administrátora (odešel do důchodu jako rektor Kalifornské univerzity), ale Suppes zůstal. Později Suppes rozšířil svůj výzkum na vysokoškolský materiál a počítačově založené kurzy logiky a teorie množin byly nabízeny studentům Stanfordu v letech 1972 až 1992.
V roce 1985 Suppes obdržel od Národní vědecké nadace grant „proof of concept“ na rozvoj počítačového kurzu matematiky prvního ročníku s původním cílem zpřístupnit jej studentům posledního ročníku střední školy, kteří byli na školách, jež jinak matematiku nenabízely. Suppes spolu s týmem, jehož součástí byl i Raymond Ravaglia, současný výkonný ředitel EPGY, začal na kurzu pracovat vážně v roce 1987. Když byl kurz v roce 1990 připraven k testování, pozornost se obrátila na mladší studenty, kteří byli ve své matematické výchově urychleni. Pro léto roku 1990 bylo vybráno přibližně 40 žáků nižších středních a středních škol s určitými znalostmi algebry na pětitýdenní kurz zrychleného precalculu vyučovaného instruktorem na Foothill College. Z těchto studentů bylo třináct umístěných na sedmi místních školách pozváno, aby se během následujícího školního roku 1990-91 zúčastnilo kurzu počítačové matematiky. Všech třináct žáků složilo v květnu 1991 zkoušku z pokročilého zápočtového AB kalkulu. Šest studentů dosáhlo 5 bodů, šest dosáhlo 4 bodů a jeden 3 bodů.
Po tomto počátečním úspěchu byly vytvořeny počítačové kurzy Počáteční algebry, Středně pokročilé algebry a Prekalkulu, které nahradily zrychlený letní kurz. Tyto kurzy byly testovány během akademického roku 1991-92 s novou skupinou studentů. Současně byl kurz kalkulu rozšířen o materiál nezbytný pro zkoušku BC. V tomto roce čtyři studenti složili zkoušku BC, přičemž všichni získali 5 bodů.
Po portování softwaru do operačního systému Windows byla na Stanfordově univerzitě na podzim 1992 formálně zahájena studia Stanford Pre-Collegiate Studies, tehdy známá jako Education Program for Gifted Youth (EPGY), která tyto kurzy všeobecně zpřístupnila.
V dubnu 2006 obdržel Stanford významný a štědrý dar od nadace Malone Family Foundation z Englewoodu v Coloradu. Příspěvek šel na založení online střední školy nezávislé na pravidelných dálkových studijních kurzech EPGY. Její formální název je Stanford University Online High School, ale je často označována jako Stanford OHS nebo jednoduše OHS.
Přihláška a přijímací řízení do kurzů EPGY probíhá primárně on-line. Studenti jsou povinni předložit materiály z předchozích let školní docházky, aby prokázali své schopnosti a zájmy. Zápis do některých kurzů vyžaduje, aby student odevzdal výsledky testů, nebo absolvoval rozřazovací testy (obvykle v pokročilých kurzech, které nejsou obvykle nabízeny na veřejných středních školách). Studenti ve věku 7 až 13 let, kteří absolvují kurz matematiky, fyziky nebo počítačového programování, musí absolvovat on-line test matematických schopností EPGY. Uzávěrka pro předčasné přijetí je 6. února a uzávěrka pro normální přihlášku je 9. března.
Kromě internetových kurzů pro akcelerované studenty pořádá program Stanford Pre-Collegiate Studies v červnu, červenci a srpnu letní instituty a program Middle School.
Letní instituty EPGY jsou třítýdenní a čtyřtýdenní pobytové programy pro akademicky talentované a motivované středoškoláky. Letní instituty poskytují těmto studentům příležitost obohatit a urychlit své akademické aktivity a setkat se s ostatními, kteří sdílejí jejich zájmy a schopnosti. Dřívější účastníci letních institutů EPGY přijeli ze 44 zemí a 49 států.
Účastníci Summer Institutes bydlí na Stanfordu pod dohledem a vyučují je stanfordští instruktoři. Studenti se zapojují do intenzivního studia v jediném kurzu a jsou seznamováni s tématy, která nejsou typicky prezentována na středoškolské úrovni. Summer Institutes poskytují ochutnávku vysokoškolského života v krásném prostředí stanfordského kampusu.
Mezi obory letních institutů patří matematika, přírodní vědy, psaní, humanitní vědy, informatika, strojírenství a obchod. Lektorům pomáhají vysokoškolští a postgraduální mentoři, kteří mají odborné znalosti v oborech předmětu. Tito mentoři plní dvojí roli rezidenčního poradce a asistenta pedagoga tak, aby akademické a sociální aspekty programu byly úzce integrovány.
Univerzita také nabízí program Middle School Program („MSP“). Program EPGY Summer Institutes Middle School Program (MSP) se skládá ze tří dvoutýdenních lekcí pro studenty 6. a 7. ročníku. Podobně jako letní instituty pro středoškoláky tento program poskytuje akademické obohacení, ochutnávku vysokoškolského života na Stanfordu a možnost setkat se s ostatními s podobnými zájmy a schopnostmi. Studenti však místo soustředěného studia na jedno téma studují několik souvisejících témat v rámci jedné oborové oblasti.
Účastníci letních institutů MSP žijí ve stanfordském bydlení pod dohledem a vyučují je stanfordští instruktoři. Instruktorům pomáhají vysokoškolští a postgraduální mentoři, kteří mají odborné znalosti v předmětových oblastech kurzu. Tito mentoři plní dvojí roli rezidenčního poradce a asistenta pedagoga, což znamená, že akademické a sociální aspekty programu jsou integrovány. Kurzy zahrnují materiály, které nejsou typicky prezentovány na úrovni střední školy. Nabídka kurzů zahrnuje matematiku, počítačové programování, fyzikální vědy, expozitorní psaní a tvůrčí psaní. Studenti se účastní jednoho intenzivního kurzu během účasti na letních institutech MSP.
Studenti MSP Summer Institutes pocházejí především z Kalifornie, navštěvují je však i studenti z celých USA a celého světa.
Letní institut EPGY najímá vysokoškoláky, čerstvé absolventy a postgraduální studenty, aby během každého léta pracovali jako poradci a asistenti pedagoga. Rezidenční poradci (RC) jsou vybíráni pro svou schopnost pracovat s mladými lidmi v rezidenčním prostředí a pro svou akademickou kvalifikaci. Toto uspořádání umožňuje těsnou integraci sociální a akademické části programu.