Gardner byl důsledným obhájcem otců v bitvách o opatrovnictví, zejména otců obviněných ze zneužívání dětí. Jeho nejnovější kniha Syndrom rodičovského odcizení podrobně popisuje fáze (tj. mírné, střední, těžké) destruktivního dopadu na dítě odcizení jednoho rodiče druhému rodiči a plně popisuje tři typy odcizených rodičů (tj. naivní, aktivní, posedlý).
Gardner napsal první svépomocnou knihu pro děti rozvodových dětí, která je v současné době ve svém 28. vydání. Vymyslel terapeutickou techniku Mutual Story-Telling, která je zahrnuta do učebních osnov dětské psychiatrie a uvedena jako jedna z 35 významných událostí v historii herní terapie.[citace nutná] Kromě toho založil novou terapeutickou modalitu svým představením první terapeutické deskové hry pro použití v psychoterapii s dětmi. Použití takových her se od té doby stalo standardem v dětské psychoterapii s mnoha hrami po vzoru Gardnera. Gardnerovy knihy a terapeutické hry byly přeloženy do devíti jazyků.
Gardnerovým hlavním příspěvkem bylo upozorňování na rodičovské odcizení, tedy na to, jak jeden rodič může zneužít moci socializace, aby obrátil dítě proti kdysi milovanému rodiči. Gardnerovo označování odcizení jako „syndromu“ zůstává kontroverzní mezi psychiatry, psychology a terapeuty. Syndrom rodičovského odcizení byl rozsáhle kritizován některými vědci a právníky, kteří ho popisují jako nepřípustný v jednáních o péči o dítě založených na vědě i právu. Gardnerova tvrzení, že PAS je vědecky platná a právně přípustná, nejsou podložena a nejsou uvedena ani v Diagnostické a statistické příručce duševních poruch, ani uznána jako lékařský syndrom.
Otázky, které nastolil, ve své podstatě vyvolaly značnou kontroverzi. Kvůli tomu se cítil nucen zveřejnit vyvrácení před svou smrtí.
Existuje značná kritika Gardnera feministickými kritiky.[citace nutná]
Později ve svém životě, v roce 1999, Gardner reagoval na jeho četné kritiky v American Journal of Family Therapy, shrnující v abstraktní, co on věřil byl kořen mnoha kritiky:
Některé z nich vznikly z konfliktů v právní oblasti, kde advokáti často vybírají materiály vytržené z kontextu, aby posílili své postavení u soudů. To je podstata systému protivníka a je to jedna z příčin sporů, které někdy obklopují mé příspěvky. Některé z těchto nepochopení a zkreslení se natolik rozšířily, že jsem považoval za rozumné formulovat toto prohlášení.
Gardner také popřel, že by jakkoliv schvaloval pedofilii:
Jsem přesvědčen, že pedofilie je pro společnost špatná věc. Jsem však přesvědčen, že pedofilie, stejně jako všechny ostatní formy atypické sexuality, je součástí lidského repertoáru a že všichni lidé se rodí s potenciálem rozvíjet některou z forem atypické sexuality (které DSM-IV označuje jako parafilie). Mé uznání, že určitá forma chování je součástí lidského potenciálu, není potvrzením tohoto chování. Znásilnění, vraždy, sexuální sadismus a sexuální obtěžování jsou součástí lidského potenciálu. To neznamená, že tyto ohavnosti schvaluji.“
Gardner se také zasazoval proti povinným zákonům o oznamování zneužívání dětí a imunitě před trestním stíháním jednotlivců, kteří oznámí zneužívání dětí, a zasazoval se o vytvoření programů s federálním financováním, které by pomáhaly osobám, o nichž se tvrdí, že jsou falešně obviněni ze zneužívání dětí.
Gardner si vzal život 25. května 2003, kuchyňským nožem se několikrát bodl do hrudníku a krku. Jeho syn Andrew krátce po smrti svého otce řekl, že Gardner byl v době, kdy si vzal život, rozrušený postupujícími příznaky reflexní sympatické dystrofie, bolestivého neurologického syndromu.