U složitých obratlovců, včetně člověka, plní amygdala primární roli při tvorbě a uchovávání vzpomínek spojených s emočními událostmi. Výzkum ukazuje, že během podmiňování strachu se smyslové podněty dostávají do basolaterálních komplexů amygdalae, zejména do laterálních jader, kde vytvářejí asociace se vzpomínkami na podněty. Souvislost mezi podněty a averzními událostmi, které předpovídají, může být zprostředkována dlouhodobou potenciací, přetrvávajícím potenciálem pro postižené synapse reagovat pohotověji.
Vzpomínky na emocionální zážitky vtisknuté do reakcí synapsí v laterálních jádrech vyvolávají chování strachu prostřednictvím spojení s centrálním jádrem amygdalae. Centrální jádra se podílejí na genezi mnoha reakcí strachu, včetně zmrazení (nehybnosti), tachykardie (zrychleného srdečního tepu), zvýšeného dýchání a uvolňování stresových hormonů. Poškození amygdalae narušuje jak získávání, tak i vyjadřování Pavlovova podmiňování strachu, což je forma klasického podmiňování emocionálních reakcí.
Stathminový gen a Amygdala
Nedávné výzkumné práce Dr. Gleba Shumyatskyho a prof. Erica Kandela vedly k identifikaci Stathminova genu. Tento gen je vysoce obohacen v amygdale a předpokládá se, že se podílí na kontrole vrozeného i naučeného strachu u myší. Pomocí technologie genového knockoutu „vyřadili“ stathminový gen v amygdale a zjistili, že myši, které postrádají stathminový gen, postrádají jakýkoliv druh strachu. Například takové myši nezmrzly při spatření kočky.