Krokodýli (Crocodilia) je řád velkých plazů, který se objevil asi před 84 miliony let v období pozdní křídy (kampán). Jsou nejbližšími žijícími příbuznými ptáků, protože obě skupiny jsou jedinými přeživšími zástupci archosaurie. Příslušníci kmenové skupiny krokodýlů, klad Crurotarsi, se objevili asi před 220 miliony let v období triasu a během druhohor vykazovali širokou rozmanitost forem.
Správný lidový termín pro tuto skupinu je „krokodýli“, nikoli „krokodýli“, ačkoli druhý termín se někdy nesprávně používá pro aligátory a kajmany, nebo dokonce pro jejich vzdálené prehistorické příbuzné „mořské krokodýly“.
Tato skupina se často píše jako „Crocodylia“, aby se shodovala s rodem Crocodylus Laurenti, 1768. Richard Owen však při publikování jména v roce 1842 použil pravopis na -i-, takže ve vědecké literatuře se obecně upřednostňuje tento způsob. Psaní na -i- je také přesnější latinizací řeckého κροκόδειλος (krokodeilos, doslova „oblázkovitý červ“, což odkazuje na tvar a strukturu zvířete).
Základní tělesný plán krokodýlů je velmi zdařilý; moderní druhy se velmi podobají svým křídovým předkům z doby před 84 miliony let. Také savci se tomuto tělesnému plánu alespoň jednou v historii přizpůsobili. Jedna z předků čeledi velrybovitých, Ambulocetidae, byli vodní dravci žijící v řekách a jezerech a vyplňovali ekologickou niku podobnou krokodýlům.
Krokodýli mají pružný polosvislý (poloroztažený) postoj. Mohou chodit v nízké, roztažené „břišní chůzi“, nebo držet nohy více přímo pod sebou a provádět „vysokou chůzi“. Většina ostatních plazů dokáže chodit pouze v rozkročené poloze a chameleoni jsou jediní moderní plazi se vzpřímenějším držením těla než krokodýli.“ [Jak odkazovat a odkazovat na shrnutí nebo text] Polovzpřímené držení těla umožňuje některým druhům v případě potřeby cválat po souši. Jeden australský druh může při cvalu po nepravidelném lesním porostu dosáhnout rychlosti přes 16 km/h. [Jak odkazovat a odkaz na shrnutí nebo text] Krokodýlí předci, rychle se pohybující suchozemští predátoři jako rauisuchiáni, měli ve skutečnosti zcela vzpřímené držení těla, což naznačuje, že roztažené a polosvislé držení těla krokodýlů se vyvinulo poté, co se adaptovali jako polovodní predátoři ze zálohy. Jejich kotníkové kosti neboli tarsi jsou velmi modifikované. Pohyb moderních krokodýlů není primitivním znakem, ale specializací pro jejich polovodní způsob života.
Všichni krokodýli mají podobně jako Homo sapiens (člověk) tekodontní chrup (zuby zasazené do kostěných jamek), ale na rozdíl od savců si zuby vyměňují po celý život (i když ne v „extrémním“ stáří). Mladí krokodýli vyměňují zuby za větší, a to rychlostí až 1 nový zub na zubní jamku každý měsíc. Po dosažení velikosti dospělého jedince během několika let se však rychlost výměny zubů může zpomalit na dva roky i déle. Velmi staří příslušníci některých druhů byli pozorováni v téměř „bezzubém“ (bezzubém) stavu poté, co se zuby vylomily a jejich výměna se zpomalila nebo přestala. Výsledkem je, že jeden krokodýl může za svůj život vyměnit nejméně 3 000 zubů. Každý zub je dutý a nový roste uvnitř starého. Tímto způsobem je nový zub připraven, jakmile starý vypadne.
Shora: Hlava aligátora amerického (Alligator mississippiensis), krokodýla nilského (Crocodylus niloticus) a ghariala indického (Gavialis gangeticus).
Krokodýli mají sekundární kostěné patro, které jim umožňuje dýchat, i když jsou částečně ponořeni, a to i v případě, že mají ústa plná vody. Jejich vnitřní nozdry se otevírají v zadní části krku, kde jim zvláštní část jazyka zvaná „patrová chlopeň“ uzavírá dýchací systém, když jsou pod vodou. Díky tomu mohou pod vodou otevírat ústa, aniž by se dusili. Většině plazů sekundární patro chybí, ale u některých scinků (čeleď Scincidae) se v různé míře vyvinulo i kostěné sekundární patro.
Krokodýli a gharialové mají na jazyku modifikované slinné žlázy (solné žlázy), které slouží k vylučování přebytečných solných iontů z těla. Aligátoři a kajmani je mají také, ale zde jsou nefunkční. To svědčí o tom, že v určitém okamžiku společného původu byli krokodýli adaptováni na slané/mořské prostředí. To také vysvětluje jejich široké rozšíření napříč kontinenty (tj. mořské rozptýlení). Druhy jako krokodýl mořský (C. porosus) mohou přežít delší dobu v moři a mohou v tomto prostředí lovit kořist.
Krokodýli často leží s otevřenou tlamou, což je chování, kterému se říká „gaping“. Jednou z jeho funkcí je pravděpodobně ochlazování, ale vzhledem k tomu, že to dělají i v noci a za deště, je možné, že zející tlamy mají i sociální funkci.
Krokodýlům chybí vomeronazální orgán (přesto je u embrya zjistitelný) a močový měchýř.
Stejně jako savci a ptáci a na rozdíl od plazů mají krokodýli čtyřkomorové srdce; na rozdíl od savců se však okysličená a odkysličená krev může míchat, protože je zde přítomný oblouk levé aorty. Pravou komoru opouštějí dvě tepny: plicní tepna, která směřuje do plic, a levý aortální oblouk, který směřuje do tělního neboli systémového oběhu. Mezi levým a pravým aortálním obloukem je také otvor, Panizzovo ústí. Protože levý aortální oblouk směřuje přímo do střev, může přesun krve ochuzené o kyslík, která má vysoký obsah CO2, sloužit k tvorbě žaludeční kyseliny, která pomáhá trávit kosti kořisti. Bylo prokázáno, že jejich krev má silné antibakteriální vlastnosti [Jak odkazovat a odkazovat na shrnutí nebo text].
V plicích mají plicní sklípky a jedinečné svalové spojení s játry a vnitřnostmi, které funguje jako píst při dýchání a odděluje hrudní a břišní dutinu (podobně jako bránice u savců). Ještěrky tegu mají sice primitivní protodiafragmu, která odděluje plicní dutinu od dutiny viscerální a umožňuje větší nafukování plic, ale ta má jinou evoluční historii.
Krokodýli polykají kameny, tzv. gastrolity, které slouží jako balast a zároveň pomáhají při zpracování kořisti po trávení. Žaludek krokodýlů je rozdělen na dvě komory, z nichž první je popisována jako mohutná a svalnatá, podobně jako žaludek ptáků. Zde se nacházejí gastrolity. Druhý žaludek má nejkyselejší trávicí soustavu ze všech živočichů a dokáže strávit většinou vše z jejich kořisti; kosti, peří i rohy.
Pohlaví mláďat se určuje podle inkubační teploty. To znamená, že krokodýli nemají genetické určení pohlaví (jako my), ale určitou formu environmentálního určení pohlaví, které je založeno na teplotě, jíž jsou embrya vystavena na počátku svého vývoje.
Stejně jako všichni plazi mají i krokodýli poměrně malý mozek, který je však vyspělejší než u ostatních plazů. Mimo jiné má pravou mozkovou kůru.
Stejně jako u mnoha jiných vodních nebo obojživelných čtyřnožců jsou oči, uši a nozdry umístěny ve stejné rovině. Vidí dobře ve dne a mohou mít i barevné vidění, navíc mají oči svislou zornici podobnou kočičí, což jim umožňuje i výborné noční vidění. Duhovka je stříbřitá (světlo odrážející vrstva tapetum za sítnicí výrazně zvyšuje jejich schopnost vidět při slabém světle), díky níž jejich oči ve tmě také svítí. Třetí průhledné víčko, nikotinová membrána, chrání jejich oči pod vodou. Pod vodou však nedokážou zaostřit, což znamená, že při ponoření pod vodu jsou důležitější jiné smysly.
Zatímco ptáci a většina plazů mají kolem každého oka prstenec kostí, který podpírá oční bulvu (sklerotický prstenec), krokodýli tyto kosti postrádají, stejně jako savci a hadi. Ušní bubínky se nacházejí za očima a jsou kryty pohyblivým kožním lalokem. Tento lalok se při potápění uzavírá spolu s nozdrami a očima, čímž zabraňuje vniknutí vody do vnějších otvorů hlavy. Středoušní dutina je tvořena komplexem kostěných průchodů naplněných vzduchem a rozvětvenou Eustachovou trubicí. Vedle stapes nebo na nich se nachází malý sval (který se vyskytuje i u gekonů), stapedius, který pravděpodobně funguje stejně jako sval stapedius u savců a tlumí silné vibrace.
Horní a dolní čelist jsou pokryty smyslovými jamkami, které jsou na kůži vidět jako malé černé skvrnky, což je krokodýlí verze postranního orgánu, který vídáme u ryb a mnoha obojživelníků. Mají však zcela jiný původ. Tyto pigmentové uzlíky obalují svazky nervových vláken, které reagují na sebemenší rozrušení ve vodní hladině, detekují vibrace a malé změny tlaku ve vodě, což jim umožňuje odhalit kořist, nebezpečí a vetřelce i v úplné tmě. Tyto smyslové orgány se nazývají DPR (Dermal Pressure Receptors). Zatímco aligátoři a kajmani je mají pouze na čelistech, krokodýli mají podobné orgány téměř na všech šupinách těla. Funkce DPR na čelistech je jasná, ale stále není zcela jasné, co vlastně dělají orgány na zbytku těla krokodýlů. Pravděpodobně dělají totéž co orgány na čelistech, ale zdá se, že mohou dělat i něco víc, například pomáhat při příjmu chemických látek nebo dokonce při zjišťování slanosti.
Západoafrický krokodýl trpasličí z lesů západní a západní střední Afriky
Kůže je pokryta nepřekrývajícími se šupinami složenými z bílkoviny keratin (stejná bílkovina, která tvoří kopyta, kůži, rohy, peří, srst, drápy a nehty u ostatních čtyřnožců), které se jednotlivě vylučují. Na hlavě je kůže ve skutečnosti srostlá s kostmi lebky. Pod šupinami jsou malé kostní destičky, zvané osteodermy nebo šupiny. Stejně jako stromy mají i krokodýlí osteodermy roční růstové kruhy a jejich spočítáním lze určit jejich stáří. Osteodermy se nacházejí zejména na hřbetě a u některých druhů také na břiše. Překrývající se řady šupin pokrývají tělo krokodýla od hlavy až po ocas a tvoří tak pevný ochranný pancíř. Pod šupinami a osteodermy se nachází další vrstva pancíře, pevná a zároveň pružná, tvořená řadami kostěných překrývajících se šindelů zvaných osteoskuty, které jsou zapuštěny do hřbetní tkáně zvířete. Krvavé hrbolaté šupiny na hřbetě slouží jako solární panely.
U jejich předků se obratle ve tvaru lžíce změnily z bikonkávních na konkávní přední a konvexní zadní u moderních forem. Díky tomu byla páteř pružnější a pevnější, což je užitečné přizpůsobení při lovu ve vodě.
Mají žebra kožního původu omezená na boky břišní stěny těla. Klíční kost chybí.
Eusuchia, moderní klan, který zahrnuje korunovou skupinu Crocodilia, se poprvé objevil ve spodní křídě Evropy. Isisfordia duncani žila přibližně před 95 až 98 miliony let, během cenomanské epochy svrchní křídy. Isisfordia je druhým nejstarším známým eusuchiánem a nejstarším krokodýlomorfem dosud nalezeným v Austrálii. Eusuchiáni prošli během pozdní křídy a paleogénu masovou radiací, během níž se vyvinuli do mnoha forem, jako jsou například polovodní druhy živící se dinosaury (Deinosuchus); kopytnatí suchozemští masožravci (Pristichampsus) a formy se „sekerovitou“ lebkou (Baru).
Kladogram podle Brochu (1997).